Πριν την έναρξη της Επανάστασης πολλοί κληρικοί και λαϊκοί είχαν μυηθεί στην Φιλική Εταιρεία, αυτό βοήθησε στην εξάπλωση της επανάστασης σε όλη την Κρήτη.

Σημαντικότεροι Κήρυκες της Φιλικής Εταιρείας είναι ο λόγιος Εμμανουήλ Βερνάρδος, και ο Βαρνάβας Πάγκαλος.

Γνωστοί Φιλικοί ήσαν ο Έμπορος Λαδάς, ο μητροπολίτης Γεράσιμος Πάρδαλης, ο επίσκοπος Πέτρας Αρτέμιος, ο Κληρικός-αγωνιστής-ιστορικός Καλλίνικος Κριτωβουλίδης, οι Σφακιανοί πλοιοκτήτες Παναγιώτης Ψαρουδάκης, Ανδρέας Φασουλής και οι Δαιμονάκηδες (φυγάδες του 1770 στην Μολδοβλαχία), ο καπετάνιος Αναγνώστης Μανουσογιαννάκης, ο κρυπτοχριστιανός Χουσεϊν Κουρμούλης, ο επίσκοπος Κισσάμου Μελχισεδέκ Δεσποτάκης, ο ηγούμενος Μονής Πρέβελης Μελχισεδέκ Τσουδερός κ.α.

Ο Υψηλάντης κατά την έναρξη της επανάστασης στην Μολδοβλαχία είχε μαζί του 150 Κρήτες οι περισσότεροι από αυτούς δεν θα γυρίσουν ποτέ στο νησί. Εκεί άφησαν την ζωή τους τα δύο από τα τρία αδέλφια Βούρβαχη που συμμετείχαν στις μάχες ο Τζοάνος και ο Βαρδής.

Ο πρώτος που ύψωσε την σημαία της επανάστασης στο νησί ήταν ο ηγούμενος της ιστορικής μονής Πρέβελη Μελχισεδέκ Τσουδερός, οι Τούρκοι αντέδρασαν γρήγορα σκότωσαν τους μοναχούς και λεηλάτησαν το μοναστήρι, ο ηγούμενος γλίτωσε με δυσκολία και κατέφυγε στα Σφακιά, το βόλι θα τον βρει αργότερα σε μια άλλη μάχη, στο Πολεμάρχη Κισσάμου προσθέτοντας ένα ακόμα ήρωα στην οικογένεια των Τσουδερών-Καλλέργιδων-Φωκάδων.

Οι Σφακιανοί έχοντας κατά νου την τραυματική εμπειρία του 1770 κινήθηκαν προσεκτικά, ήθελαν να ξεσηκωθεί όλο το νησί ταυτόχρονα και είχαν δίκιο. Η έναρξη του αγώνα αποφασίσθηκε σε ανοικτή συνέλευση στις 15 Απριλίου 1821 στην εκκλησία της Παναγιάς της Θυμιανής στα Σφακιά.

Η πρώτη νικηφόρα μάχη δόθηκε στο Λούλο Κεραμειών στις 14 Ιουνίου. Στις 15 Ιουνίου στο ηρωϊκό χωριό Λάκκοι κατατροπώνεται ο στρατός πέντε χιλιάδων Τούρκων, ταυτόχρονα στο Αμάρι Ρεθύμνου νικήθηκαν οι φοβεροί Αμπαδιώτες Τουρκοκρήτες.

Στις 19 Αυγούστου οι Τούρκοι στην προσπάθειά τους να πατήσουν το Θέρισο αποτυγχάνουν και χάνουν διακόσιους άνδρες, οι Κρήτες ανάμεσα στους νεκρούς τους θρηνούν το Στέφανο Χάλη ένα από τα τρία ηρωικά αδέλφια . Οι Σφακιανοί λόγω της εμπειρίας τους στα όπλα προσφέρουν καπετάνιους και σε άλλες επαρχίες όπως το Δεληγιαννάκη στην επαρχία Αμαρίου στο Ρέθυμνο, τους Αναγνώστη και Πέτρο Μανουσέλη τον Πωλογιώργη κ.α.

Ο καπετάνιος Ρούσος Βουρδουμπάς πρώτος μεταξύ ίσων σε πολλές μάχες θα έχει την γενική αρχηγία. Άλλοι καπετάνιοι ήσαν ο Β. Κουρμούλης στη Μεσσαρά, ο Μελιδόνης στο Μυλοπόταμο ο Σήφακας στον Αποκόρωνα οι Ι . και Β. Χάληδες στην Κυδωνία, ο Γεώργιος Τσουδερός στον Άγιο Βασίλειο.

Τα θύματα των βιαιοπραγιών των Τούρκων είναι ο άμαχος πληθυσμός, σφαγιάσθηκαν 400 χριστιανοί στα Χανιά, 800 στο Ηράκλειο, 2.500 στον Αποκόρωνα. Δυστυχώς η διχόνοια μεταξύ των καπετάνιων για την αρχηγία τους αναγκάζει να ζητήσουν αρχηγό από την Ελληνική κυβέρνηση, δηλαδή από τον Δ. Υψηλάντη, ο οποίος και αποστέλλει τον Μιχαήλ Κομνηνό Αφεντούλη.

Κατά τον ένα χρόνο αρχηγίας του ο Αφεντούλης δεν πέτυχε σημαντικές νίκες αλλά όμως η επανάσταση εδραιώθηκε σε όλο το νησί. Στις 28 Μαΐου 1822 αποβιβάζεται ο Αιγύπτιος Χασάν Πασάς στην Σούδα, την βοήθεια του οποίου ζήτησε ο Σουλτάνος. Λίγες μέρες αργότερα οι Τούρκοι αναθάρεψαν και καταστρέφουν το χωριό των ηρώων τα Ανώγεια, σε αντίποινα οι Ανωγειανοί καπετάνιοι με τη συνδρομή και του καπετάνιου Δεληγιαννάκη παρασύρουν στον Κρουσώνα 350 Τουρκαλβανούς και τους σφαγιάζουν. Άξιο λόγου είναι ότι οι Ανωγειανοί που δεν είχαν όπλα και ήσαν πολλοί αυτοί κρατούσαν ραβδιά με τα οποία πολέμαγαν.

Βλέποντας ο Αιγύπτιος Χασάν ότι δεν μπορεί να καταστείλει την επανάσταση μεταχειρίζεται ηπιότερους τρόπους, προτρέπει με έγγραφο μέσω του επισκόπου που αποφυλάκισε, τους επαναστάτες να καταθέσουν τα όπλα και η απάντηση του Καπετάνιου Χάλη ήταν: «Ηπορήσαμεν, όταν είδομεν να μας προτρέπητε να υποταχθώμεν και δευτέραν φοράν ….. Ημείς εκάμαμεν σταθεράν απόφασιν, η με αυτά να αποθάνωμεν όλοι ομού ή να απαλλαχθώμεν τοιαύτης φρικτής τυραννίας. Όθεν και παρακαλούμεν του λοιπού να μη μας γράψητε περί τούτον ούτε την ευχήν σας ζητούμεν, ούτε την κατάραν σας φοβούμεθα».

Τον Αύγουστο του 1822 ο Χασάν πατά τους Λάκκους και το Θέρισο με τίμημα 600 νεκρούς στρατιώτες του που τον θορυβεί ιδιαίτερα, 30 και 31 Αυγούστου δέχεται επίθεση από τους Ανωγειανούς και Μυλοποταμίτες στο Μυλοπόταμο παθαίνοντας μεγάλη φθορά.

Νοέμβριο του 1822 ο Χασάν εισβάλλει στο δεύτερο φυσικό οχυρό της Κρήτης το οροπέδιο Λασιθίου, καίοντας και ερημώνοντας τα χωριά του. Δυστυχώς το Φεβρουάριο του 1823 έγινε ένα από τα φοβερότερα εγκλήματα του αγώνα, σ’ ένα σπήλαιο στη Μίλατο Λασιθίου, είχαν κρυφθεί 2000 άμαχοι με λίγους οπλοφόρους για 15 ημέρες οι Αιγύπτιοι δεν μπορούσαν να το πατήσουν.

Ο Σφακιανός Ρούσος Βουρδουμπάς, προσπάθησε να τους σώσει κτυπώντας τους Τουρκοαιγυπτίους στα νότα τους, όμως η δύναμη των εχθρών είναι μεγάλη, και δεν καταφέρνει να σπάσει τον κλοιό, έτσι λόγω της δίψας αναγκάσθηκαν να παραδοθούν. Οι Τούρκοι τους περισσότερους τους έριξαν στον γκρεμό και τους υπόλοιπους τους πούλησαν για δούλους.

Στις 21 Μαΐου 1823 ο Εμ. Τομπάζης αναλαμβάνει την διοίκηση της Κρήτης, καταλαμβάνοντας αμέσως τα φρούρια της Κισσάμου και της Κανδάνου αφού συνθηκολόγησαν οι έγκλειστοι Τούρκοι. Ταυτόχρονα οι Τουρκοαιγύπτιοι ανασυντάσσονται, φέρνουν νέο αρχιστράτηγο το Χουσεϊν γαμπρό του Μεχμέτ Αλί της Αιγύπτου με τρεις χιλιάδες άνδρες και άφθονα πολεμοφόδια. Οι μάχες συνεχίζονται, τον Ιανουάριο του 1824 μετά από τρεις μήνες πολιορκία το σπήλαιο του Μελιδονιού Μυλοποτάμου όπου είχαν καταφύγει 30 επαναστάτες και 370 γυναικόπαιδα, πυρπολείται με τρύπα στην οροφή, πνίγοντάς τους όλους στους καπνούς.

Οι άμαχοι αναγκάζονται να φύγουν από την Κρήτη, ο Ελληνικός στόλος παραλαμβάνει μόνο από το λιμανάκι του Λουτρού Σφακίων δέκα χιλιάδες ψυχές και τις φυγαδεύει για να γλιτώσουν. Απέλπιδες προσπάθειες για ενίσχυση του αγώνα από την υπόλοιπη Ελλάδα πέφτουν στο κενό λόγω του εμφυλίου που μαινόταν.

Στις δώδεκα Απριλίου 1824 ο Τομπάζης αφήνει την Κρήτη, οι αγωνιστές τον ακολουθούν και φεύγουν για την Πελοπόννησο. Η επανάσταση βάλτωσε και μετατράπηκε σε κλεφτοπόλεμο από τους «Καλησπέρηδες», αντάρτες που χτυπούσαν ξαφνικά και εξαφανίζονταν. Το Μάιο του 1824 η Κρήτη ελέγχεται από τους Τουρκοαιγυπτίους.

Στα μέσα του 1825, τετρακόσιοι από τους Κρήτες που αγωνίζονται στην Πελοπόννησο επιστρέφουν και καταλαμβάνουν τα Φρούρια της Γραμβούσας και του Κισσάμου δημιουργώντας πάλι ελεύθερους πυρήνες στην Κρήτη.

Το 1827 σώμα χιλίων προσφύγων Κρητών αγωνιστών μεταφέρθηκε από τον Μιαούλη στο νησί και η επανάσταση γενικεύεται πάλι με επιτυχίες. Την ίδια χρονιά σκοτώνεται στο Καματερό Αττικής ο Συνταγματάρχης του Γαλλικού στρατού Διονύσιος Βούρβαχης, από τη γενιά των εκπατρισθέντων Κρητών του 1770.

Το 1828 ο γενναίος Ηπειρώτης Χατζημιχάλης Νταλιάνης με σώμα 600 πεζών και 100 ιππέων φθάνει στην Κρήτη για να ενισχύσει τον αγώνα. Ο Χατζημιχάλης Νταλιάνης δεν άκουσε τους έμπειρους Σφακιανούς να αγωνισθεί στα ορεινά αλλά κλείσθηκε 18 Μαΐου 1828 στο φρούριο του Φραγγοκάστελου όπου έγινε μια από τις φονικότερες μάχες του αγώνα. Οι Τούρκοι τον πολιόρκησαν, ο ίδιος σκοτώθηκε μαζί με τετρακόσιους αγωνιστές, οι εχθροί είχαν διπλάσιες απώλειες, οι λίγοι αγωνιστές που έμειναν αναγκάσθηκαν να συνθηκολογήσουν.

Οι Σφακιανοί που παρακολουθούσαν το Μουσταφά κατά την επιστροφή του μέσω των Σφακίων προς τα Χανιά, τον χτύπησαν και έχασε πάνω από χίλιους άνδρες. Η καταστροφή του θα ήταν ολοκληρωτική αν δεν τρέπονταν σε φυγή αφήνοντας όπλα και εφόδια, οι πεινασμένοι αγωνιστές βλέποντας τα στράφηκαν στην λαφυραγωγία. Αρχές του 1829 όλη η Κρήτη εκτός των τριών μεγάλων Φρουρίων Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου, είναι ελεύθερη. Τι τραγική μοίρα όμως μετά από δέκα χρόνια αγώνα και αμέτρητες θυσίες το Πρωτόκολλο της 22 Ιανουαρίου 1830 άφησε την Κρήτη εκτός των ορίων του Ελληνικού Κράτους.

Το Κρητικό συμβούλιο εκδίδει προκήρυξη: «Προς τους Έλληνας» . «Η Κρήτη ήτο και είναι μέρος αδιάσπαστο της Ελλάδος αυτή ως συναγωνισθείσα και συναγωνιζομένη με τα λοιπά επαναστατημένα μέρη από την αρχήν, ώστε δεν μπορεί να εννοήσει πως εις διαφόρους πράξεις πληρεξουσίων των σεβαστών τούτων μοναρχών η Κρήτη παρεσιωπήθη διόλου,……. Ημείς δεν ευρίσκομεν αλλού την σωτηρίαν μας παρά εις τα όπλα μας και εις αυτόν τον έντιμον θάνατον…….»

Τον Ιούνιο του 1830 τα πλοία των Χριστιανικών Μ. Δυνάμεων επέβαλαν την ειρήνη στο νησί υπέρ των Τουρκοαιγυπτίων.