Τις πρώτες δεκαετίες η οικονομία υποχώρησε αισθητά .

Οι λόγοι είναι η ελάττωση του πληθυσμού πολλοί Κρήτες έφυγαν για την Ευρώπη, άλλοι θανατώθηκαν και τέλος η εξουθενωτική φορολογία βάλτωσε την οικονομική ανάπτυξη.

Γενικά ο χαρακτήρας της οικονομίας επί Τουρκοκρατίας ήταν γεωργικός και ποιμενικός. Τα Σφακιά μόνο είχαν εμπορικά πλοία τα οποία πρόσφεραν στην επαρχία τους πλούτο και σύνδεση τους με τον γνωστό τότε κόσμο όμως και αυτά καταστράφηκαν μετά την επανάσταση του Δασκαλογιάννη το 1770.

Στις μεγάλες πόλεις του νησιού οι επαγγελματίες είχαν οργανωθεί σε σωματεία αναγνωρισμένα από το κράτος.