Η Βυζαντινή αυτοκρατορία αυτή την περίοδο ήταν σε παρακμή η έλλειψη αξιοκρατίας στα ύπατα αξιώματα και ο φυσικός περιορισμός των συνόρων της από τους εξωτερικούς εχθρούς έφερε την διάλυση της από τους σταυροφόρους.
Η Κωνσταντινούπολη έπεσε κατά την διάρκεια της Δ’ Σταυροφορίας και η αυτοκρατορία μοιράσθηκε σε κρατίδια η περίοδος αυτή ονομάσθηκε Φραγκοκρατία για τον Ελλαδικό χώρο.
Η Κρήτη δόθηκε στον Βονιφάτιο Μομφερατικό ο οποίος την πούλησε στην Δημοκρατία της Βενετίας αντί του ποσού των 1000 μάρκων αργύρου ή 5.000 χρυσών δουκάτων η συμφωνία υπογράφηκε στις 12 Αυγούστου 1204.
Οι Βενετοί λαός θαλασσινός ήθελαν την Κρήτη για να επεκτείνουν το εμπόριό τους και να εξασφαλίσουν την κυριαρχία στις θαλάσσιες οδούς προς Αίγυπτο – Ανατολή. Η οριστική εγκατάσταση των Βενετών έγινε το 1212 αφού εκδίωξαν τον αρχιπειρατή-κόμη της Μάλτας Ερρίκο Πεσκατόρε ο οποίος είχε επωφεληθεί και είχε κυριεύσει προηγουμένως μεγάλο μέρος του νησιού.
Για το νησί αρχίζει μια νέα περίοδος δουλείας που θα διαρκέσει έως το 1669. Οι Βενετοί για να εδραιώσουν την κυριαρχία τους έφεραν αποίκους, συνολικά εγκαταστάθηκαν στο νησί 10.000 άποικοι. Οι πρώτοι άποικοι μεταφέρθηκαν από την Βενετία το 1212 και ήταν 132 ευγενείς ή ιππότες οι οποίοι θα μοιράζονταν το νησί με το σύστημα της φεουδαρχίας.
Την ανώτατη εξουσία στο νησί ασκούσε ο Δούκας που έμενε στο Ηράκλειο και η θητεία του ήταν διετής. Τα Σφακιά ήταν η μόνη περιοχή που η Βενετία δεν μπόρεσε να υποτάξει ολοκληρωτικά.
Οι άποικοι του έτους 1252 έκτισαν τα Χανιά, στην θέση της αρχαίας πόλης της Κυδωνίας. Στην διοίκηση όλες οι θέσεις καταλαμβάνονται από Ενετούς με την πάροδο του χρόνου ειδικότερα μετά το 1500 αρχίζουν και οι κρητικοί να καταλαμβάνουν αξιώματα.
Ο Κρητικός λαός δεν δέχθηκε εύκολα τους Ενετούς με την διαφορετική γλώσσα και θρησκεία ( καθολικοί). Οι άρχοντες της Κρήτης που η καταγωγή τους ήταν από το Βυζάντιο έκαναν 27 μεγάλες και μικρές επαναστάσεις για να διατηρήσουν τα προνόμιά τους.
Οι Ενετοί επικράτησαν λόγω της μη συντονισμένης αντίστασης μεταξύ των Κρηταρχόντων. Το μεγαλύτερο καλό που προήλθε από την πάλη μεταξύ των Ενετών και Κρητών αρχόντων ήταν η σμίλευση της εθνικής συνείδησης όλων των Κρητών.
Οι Κρητάρχοντες με τις επαναστάσεις κατάφεραν να είναι σε ίση αξία με τους Ενετούς άρχοντες. Η τελευταία επανάσταση 1527 ήταν του Γεωργίου Καντανολέων (Σκορδύλης) η οποία εκδηλώθηκε στα Κεραμειά Χανίων με 600 ενόπλους όμως πνίγηκε στο αίμα των επαναστατών και τέλειωσε με την απέλαση της μεγάλης οικογένειας των Κόντων με εκατοντάδες μέλη εκτός της Κρήτης.
