Ο πληθυσμός της Κρήτης αλλάζει σύνθεση το 1450 π.Χ. με την έλευση των Αχαιών- ενός από τα Ελληνικά φύλλα.

Η έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης, ο επακόλουθος σεισμός και τα παλιρροιακά κύματα έφεραν την καταστροφή των Μινωϊκών κέντρων. Μέσα σ’ αυτή την κατάσταση ήλθαν οι εισβολείς Αχαιοί να δώσουν το τελειωτικό χτύπημα.

Η εγκατάσταση των Αχαιών έγινε εν μέσω μεγάλης αντίστασης από τον ντόπιο πληθυσμό ο οποίος και αποδεκατίσθηκε όσοι έμειναν έφυγαν στα ανατολικά όρη (Λασηθιώτικα βουνά), όπου για πολλούς αιώνες διατήρησαν την μινωική γλώσσα και τον πολιτισμό τους, είναι οι γνωστοί Ετεοκρήτες δηλαδή οι γνήσιοι Κρήτες.

Τούτη την περίοδο το 1200 π.Χ. οι Αχαιοί Μυκηναίοι , κάνουν την εκστρατεία κατά της Τροίας, πόλη στα Μικρασιατικά παράλια. Ο μεγάλος ποιητής της Ιλιάδας και της Οδύσσειας ο Όμηρος, αναφέρει τον βασιλιά της Κρήτης Ιδομενέα ότι συμμετείχε μαζί με τους άλλους Έλληνες βασιλείς στην εκστρατεία:

« Και των Κρητών ήτο ο αρχηγός ο Ιδομενεύς ο ανδρείος όσους απόστειλε η Κνωσός και η πυργωμένη Γόρτυς και ο λευκόγειος Λύαστος και η Μίλητος και η Λύκτος, το Ρύτιον και η Φαιστός, χώρες λαμπρές και άλλοι όπου την εκατόμπολιν εκατοικούσαν Κρήτην.

Όλων αυτών ήτο αρχηγός ο Ιδομενεύς ο ανδρείος και ο Μηριόνης, όμοιος του ανθρωποφόνου Άρη κι είχαν ογδόντα ολόμαυρα κατόπι τους καράβια…»

Στην Κρήτη οι Αχαιοί εισήγαγαν και νέα θρησκεία σε αντικατάσταση της λατρείας της Μεγάλης Θεάς των Μινωϊτών. Οι νέοι Θεοί(κάποιοι προϋπήρχαν) είναι ο Δίας ή Ζευς πατέρας όλων των Θεών, ο οποίος αν και θεός των Αχαιών γεννήθηκε στην Κρήτη, σε ένα σπήλαιο στο Δηκταίον Άνδρο στο οροπέδιο του Λασιθίου και μεγάλωσε στο Ιδαίον Άνδρο, πίνοντας γάλα από την κατσίκα Αμάλθεια.

Το Ιδαίον Άνδρο είναι σπηλιά του Ψηλορείτη κοντά στα Ανώγεια με σημαντικά ευρήματα αρχαϊκής λατρείας.Οι υπόλοιποι θεοί είναι:

Η Ήρα σύζυγος του Δία και προστάτης της οικογενειακής ζωής.

Η Αθηνά θεά της Σοφίας.

Η Άρτεμις θεά του κυνηγιού.

Ο Ποσειδώνας θεός της θάλασσας.

Ο Ήφαιστος θεός της φωτιάς.

Ο Άρης θεός του πολέμου.

Ο Απόλλωνας θεός της μουσικής και του ήλιου.

Ο Ερμής αγγελιοφόρος θεός και προστάτης του Εμπορίου.

Η Εστία θεά του νοικοκυριού.

Η Δήμητρα θεά της γεωργίας.

Η Αφροδίτη θεά της ομορφιάς.