Ο κύριος φόρος ήταν ο κεφαλικός φόρος επιπρόσθετα όσοι χριστιανοί είχαν ακίνητη περιουσία πλήρωναν από τις προσόδους τους το 20% , ποσό διπλάσιο από τις άλλες περιοχές της οθωμανικής αυτοκρατορίας.

Ας σημειωθεί ότι μετά την κατάληψη οι εύφορες περιοχές ήλθαν στα χέρια μουσουλμάνων και μόνο οι άγονες έμειναν στους Έλληνες.

Η Εκκλησία της Κρήτης πλήρωνε φόρο στο κρατικό ταμείο του νησιού αλλά και στο αντίστοιχο της Κωνσταντινούπολης οι οποίοι φόροι πάλι βάρυναν τους Χριστιανούς.