Ο Σουλτάνος στέλνει τον Μεγάλο Βεζίρη στο νησί σε μια προσπάθεια να καταλαγιάσει την επανάσταση.

Ο Βεζίρης ανακοινώνει δέσμη διοικητικών μέτρων για τους Χριστιανούς τα οποία ονομάσθηκαν «Οργανικός νόμος». Η Γενική Επαναστατική Επιτροπή τα απορρίπτει και συνεχίζει τον αγώνα.

Ο Πασάς αλλάζει και στη θέση του τοποθετείται ο Χουσεϊν ο οποίος χτίζει πύργους σε όλο το νησί που επικοινωνούν μεταξύ τους περιορίζοντας τις κινήσεις των επαναστατών.

Οι επαναστάτες μη μπορώντας να μετακινηθούν ομαδικά το γυρίζουν στον κλεφτοπόλεμο. Τα γυναικόπαιδα της Κρήτης έχουν μεταφερθεί στην υπόλοιπη Ελλάδα, την Κυριακή ο δίσκος βγαίνει για τους πρόσφυγες Κρήτες.

Τα λιμάνια έχουν αποκλεισθεί από το ναυτικό των Τούρκων, ο πλοίαρχος Σουρμελής καίει το ατμόπλοιο Αρκάδι για να μην πέσει στα χέρια των Τούρκων, την ίδια περίοδο ο ναύαρχος των Τούρκων Hobart (Άγγλος) αποκλείει το λιμάνι ανεφοδιασμού, τη Σύρο και απειλείται Ελληνοτουρκικός πόλεμος, που αποφεύχθηκε με την επέμβαση των Μ. Δυνάμεων.

Η Ελλάδα αναγκάσθηκε να σταματήσει την αποστολή εφοδίων με μια απόφαση των Μ. Δυνάμεων τον Ιανουάριο του 1869 στο Παρίσι. Η Γενική Επιτροπή του αγώνα αποκλείεται στη Μονή Γωνιάς Κισάμου και τα μέλη της βρίσκουν τραγικό θάνατο. Το τέλος του αγώνα έρχεται με την επικήρυξη των αρχηγών, 18 Ιανουαρίου 1869.

Οι θυσίες σε ανθρώπινο δυναμικό τούτου του αγώνα ήταν πολλές, η οικονομία του νησιού καταστράφηκε. Τα κέρδη ήταν τα σκιώδη προνόμια του «Οργανικού νόμου» μα κυρίως τίθεται πλέον στην διεθνή κοινότητα ένα θέμα το ‘’Κρητικό Ζήτημα’’. Από την άλλη πλευρά η Τουρκία υπέστη φθορά σε ανθρώπινο δυναμικό, υλικά και μέσα.