Η ανάμιξη του Πασά στο εκκλησιαστικό ζήτημα που έχει ανακύψει, οι νεωτεριστές ζητούν η μοναστηριακή περιουσία να μπει στον έλεγχο των δημογεροντιών αλλά και η επιβολή νέων φόρων οδήγησαν τους Κρήτες σε νέα επανάσταση.
Η διεθνής συγκυρία είναι αρνητική όπως και η Ελληνική κυβέρνηση, μόνο ο λαός της ελεύθερης Ελλάδας δέχθηκε με χαρά το μήνυμα. Στην Αθήνα ιδρύθηκε επιτροπή βοήθειας των Κρητών από τον Μάρκο Ρενιέρη.
Πέντε πλοία με ηρωικούς πλοιάρχους όπως ο Ν. Σουρμελής εφοδιάζουν το νησί, τις ασέληνες νύκτες, κάτω από μύριους κινδύνους και κυνηγητά από τον Τουρκικό στόλο. Η επαναστατική συνέλευση στις 21 Αυγούστου από το Ασκύφου Σφακίων καλεί τον Κρητικό λαό σε ένοπλη δράση.
Το Σεπτέμβριο του 1866 55.000 Τουρκοαιγυπτιακού στρατού βρίσκεται στο νησί, οι επαναστάτες με δυσκολία μαζεύουν 20.000 άντρες. Την εξουσία των επαναστατών ασκεί η Γενική Συνέλευση.
Δυστυχώς ξανά όπως το 1821 δεν εκλέγεται γενικός αρχηγός, ποιος να δεχθεί τον καλύτερό του, στρατιωτικοί διοικητές διαμερισμάτων ορίζονται στα Χανιά ο Ιωάννης Ζυμβρακάκης, στο Ρέθυμνο ο Συνταγματάρχης Π. Κορωναίος, στο Ηράκλειο ο Μιχάλης Κόρακας.
Το αίτημα των επαναστατών είναι αυτό που αναγράφει η σημαία τους «Ένωσις ή Θάνατος», ένωση με το κορμό, την Ελλάδα τι άλλο. Οι μάχες έχουν αρχίσει με εναλλάξ νίκες των αντιπάλων, οι Τούρκοι ελέγχουν τους κάμπους, οι χριστιανοί τα ορεινά.
Το μοναστήρι του Αρκαδιού είναι η έδρα της επαναστατικής επιτροπής Ρεθύμνου, ο Πασάς το μαθαίνει, αιφνιδιαστικά στις 8 Νοεμβρίου το κυκλώνει με δεκαπέντε χιλιάδες στρατό, μέσα βρίσκονται 670 γυναικόπαιδα και 300 επαναστάτες.
Την πρώτη μέρα οι Τούρκοι δεν καταφέρνουν να πατήσουν το μοναστήρι, ο ηγούμενος Γαβριήλ τρέχει και εμψυχώνει τα παλικάρια. Την δεύτερη μέρα οι Τούρκοι με την βοήθεια ενός τεράστιου πυροβόλου που έφεραν από το Ρέθυμνο, κατάφεραν να ρίξουν την πύλη και να εισβάλουν μέσα. Η μάχη είναι πια σώμα με σώμα. Οι υπερασπιστές πέφτουν ο ένας μετά τον άλλο, ο ηγούμενος είναι νεκρός. Ένας ήρωας με το όνομα Γιαμπουδάκης αδειάζει την πιστόλα του στην πυριτιδαποθήκη και το μοναστήρι γίνεται αιώνιο σύμβολο της ελευθερίας, εχθροί και φίλοι σε κοινό τάφο. Από τις χίλιες ψυχές μόνο 114 επέζησαν.
Μετά την ανατίναξη του Αρκαδιού η κοινή γνώμη της Ευρώπης τάσσεται υπέρ των Κρητών, ο Βίκτωρ Ουγκώ αρθρογραφεί, υμνώντας τον αγώνα της Κρήτης.
Στις 15 Ιανουαρίου 1867 οι Τούρκοι στην μάχη της Τυλίσσου χάνουν 600 άνδρες. Ο Μουσταφάς πασάς στην προσπάθειά του να πατήσει τα Σφακιά στη θέση Κατρέ χάνει 500 άνδρες και ο ίδιος αντικαταστάθηκε από τον Κροάτη Ομέρ πασά.
Ο Ομέρ Πασάς βάζοντας στόχο του την καταστροφή των Σφακιών και του Οροπεδίου του Λασιθίου επιτυγχάνει και στα δύο παρά την ηρωική αντίσταση των επαναστατών. Όμως μετά την αποχώρηση των Τούρκων οι «αετοί» ανακαταλαμβάνουν τις θέσεις τους μη μπορώντας έτσι οι Τούρκοι να καταπνίξουν οριστικά την Επανάσταση.
